گودزیلا برای ژاپن به خاطره‌ای دور تبدیل شده است تا اینکه نابودی یک زیردریایی آمریکایی باعث نگرانی دریاسالار تاچیبانا می‌شود. دختر او یوری که رابطه‌اش با پدر شکرآب است، درباره افسانه هیولاهای نگهبان تحقیق می‌کند؛ هیولاهایی که باید برای محافظت از ژاپن در برابر ارواح انتقام‌جوی درون گودزیلا برخیزند، ارواحی که می‌خواهند این کشور و مردمش را به خاطر رنج‌هایی که در نبرد اقیانوس آرام متحمل شده‌اند، نابود کنند.